Theo Bộ Giao Thông Vận Tải, nguyên nhân làm chi phí chuyển hàng hóa bắc nam ở VN cao là do sự cạnh tranh không lành mạnh của một vài doanh nghiệp, cơ sở hạ tầng giao thông còn hiều yếu kém và chưa phù hợp, sự không đồng bộ của các phương tiện vận chuyển hàng hóa, và chưa có những quy chuẩn hóa về bao bì…
Do sự cạnh tranh không lành mạnh của thị trường vận tải làm cho chi phí vận chuyển hàng hóa bắc nam ngày một tăng lên một cách đáng kể. Thực trạng của thị trường vận tải có thể chia thành 2 nhóm. Nhóm đầu tiên là chấp nhận vận chuyển quá tải, gom tất cả các mặt hàng không cùng nhóm được phép kết hợp vận chuyển với mục đích làm giảm chi phí vận tải để cạnh tranh. Điều này thể hiện sự đặc thù của thị trường vận tải hiện nay. Đó là đi theo hướng giảm chi phí bằng phương pháp lách luật để tồn tại như chở quá trọng lượng quy định.
Nhưng trên thực tế khi chở quá tải, tài xế phải chi ra rất nhiều phí không chính thức khác. Và để có phần bù đắp vào những chi phí không chính thức đó, tài xế bắt buộc phải tăng chuyến, tăng ca. Và dẫn đến hậu quả là hàng loạt tai nạn giao thông thảm khốc và chẳng ai mong muốn xảy liên tiếp liên quan đến xe tải, xe container là minh chứng rất cụ thể. Lấy cắp hàng cũng là một giải pháp để bù đắp, thực tế nhiều vụ rút ruột xe tải, xe container… đã xảy ra. Nhóm thứ hai là sẵn sàng chi trả chi phí thực để thực hiện các quy định về trọng tải, phân loại hàng hóa… trong vận tải, không ưu tiên chọn giải pháp tối ưu về chi phí mà không đáp ứng các chuẩn mực vận hành vận tải. Sự phân hóa thành hai nhóm trên cho thấy thị trường vận tải bắc nam cạnh tranh không lành mạnh.
Về vấn đề một số doanh nghiệp Vận chuyển hàng hóa Bắc Nam hay một số cá nhân tự tăng giá theo mùa cao điểm và sẵn sàng chở quá tải cũng như chấp nhận đại hạ giá để dành khách trong mùa thấp điểm, khiến các doanh nghiệp tự lo thuê vận tải phân phối hàng hóa có thể gặp rủi ro bất kỳ lúc nào. Sự phát triển của hệ thống cơ sở giao thông đường bộ Việt Nam vẫn chưa đáp ứng kịp tốc độ phát triển kinh tế xã hội, sự bùng nổ của ngành vận tải hàng hóa. Tại các trung tâm, thành phố lớn thường xuyên xảy ra kẹt xe, ùn tắc và các phương tiện vận chuyển hàng hóa chỉ được lưu thông vào những giờ cố định.
Doanh nghiệp sẽ tốn thêm chi phí vận chuyển và bị động về thời gian và có thể kéo theo những lô hàng giao không đúng hợp đồng, làm phát sinh thêm hàng hoạt chi phí cho các dịch vụ khác như: dịch vụ giao nhận, vận tải và thương mại.
Vấn nạn kẹt xe, kẹt cảng, làm cho chúng tôi nhiều lúc như ngồi trên đống lửa. Nhiều trường hợp, để đảm bảo thời gian, chúng tôi phải gửi hàng bằng đường hàng không thay vì vận chuyển bằng đường biển. Những trường hợp đó, lỗ là chắc, nhưng vẫn phải làm để giữ chữ tín với khách hàng”. Việc xây dựng các khu công nghiệp, hệ thống cảng biển, nhưng không xây dựng các hệ thống giao thông có năng lực kết nối cao cũng làm tăng chi phí vận tải.